Dans Mystical Ninja 2: Starring Goemon, les joueurs retrouvent Goemon et ses amis dans une aventure ludique remplie d'humour et d'action. Ils doivent naviguer à travers divers niveaux colorés et relever des défis afin de sauver Soeur Bismaru, qui a volé la machine à revivre les esprits du professeur Wiseman. Ce jeu mélange exploration, combats avec des ennemis variés et séquences de plateforme, le tout dans un univers inspiré du folklore japonais.