Metroid Prime est un jeu d'action innovant qui plonge les joueurs dans l'univers captivant de Samus Aran, une chasseuse de primes intergalactique. Dans cette aventure, Samus doit explorer la planète alien Tallon IV, où une substance mystérieuse appelée Phazon a provoqué des mutations sur la faune et la flore. Les pirates de l'espace, attirés par le pouvoir du Phazon, cherchent à l'exploiter à des fins maléfiques. Samus se lance dans une quête à la fois pour découvrir les secrets de ce monde et pour contrer les ambitions des pirates.