Dans Ganbare Goemon 3, les joueurs rejoignent le ninja Goemon et son fidèle compagnon Ebisu-maru dans une aventure palpitante à travers le Japon féodal et au-delà. Leur mission les entraîne dans un monde futuriste où ils doivent arrêter un mal insidieux impliquant une machine à remonter le temps. Ce jeu met l'accent sur l'exploration et le commerce, permettant aux joueurs de découvrir de vastes villages, d'interagir avec les habitants et de participer à divers mini-jeux captivants, offrant ainsi une expérience pleine de charme et de créativité.