The Brainies est un jeu de réflexion sur Super Nintendo où les joueurs doivent stratégiquement placer des créatures colorées appelées Brainies sur des cases de la même couleur. Le défi se déroule à travers 101 niveaux, chacun avec un chronomètre, ajoutant une pression supplémentaire pour terminer les puzzles le plus rapidement possible. Des bonus occasionnels tels que du temps supplémentaire ou des vies peuvent apparaître, mais il faut réussir à les attraper sans perdre de temps.