Dans Mario and Wario, Wario se venge de Mario en l'aveuglant avec un objet sur sa tête. Le joueur incarne la petite fée Wanda, dont le but est d'aider Mario à naviguer à travers des parcours remplis d'embûches pour rejoindre son frère Luigi. Ce jeu de réflexion, qui nécessite l'usage de la souris Super Nintendo, propose divers niveaux où la créativité et la stratégie sont essentielles. Outre Mario, les joueurs peuvent également contrôler la Princesse et Yoshi pour surmonter les défis. Le jeu incorpore des mécanismes de collecte d'étoiles et de pièces, ajoutant une dose de compétition et de plaisir à chaque niveau.