Dans ce jeu d'action-aventure inspiré du manga, le joueur prend le rôle de Negi Springfield, un jeune enseignant à la recherche de sa classe de filles disparues lors d'une excursion en forêt. Les affrontements contre des forces maléfiques allient éléments de stratégie et d'action en temps réel. Le joueur peut exploiter divers costumes et capacités magiques pour changer l'issue des batailles. En outre, le titre propose plusieurs mini-jeux ainsi qu'un quiz dédié à l'univers de la série.