Commander Keen 3 est un jeu d'action-plongée dans un univers coloré où le jeune héros, le commandant Keen, reprend son aventure pour affronter les Vorticons, des ennemis extraterrestres redoutables. Dans ce nouvel opus, Keen parcourt divers niveaux intrigants, chacun rempli d'obstacles et de créatures à vaincre. Sa mission l'amènera à explorer la mystérieuse ville de Vortiville, tout en tentant d'empêcher le Grand Intellectuel d'exécuter ses plans maléfiques menaçant la Terre.