Catacomb 3-D est un jeu de tir à la première personne où le joueur incarne un puissant mage plongé dans un univers d'obscurité et de magie. Sa quête le conduit à travers des labyrinthes sinistres, peuplés de créatures menaçantes telles que des trolls, des orcs et divers démons. En utilisant ses capacités magiques, il doit vaincre ces monstres et mettre fin aux machinations de son ennemi juré, Nemesis.