Dans Fort Boyard Millenium, les joueurs s'immergent dans l'univers du célèbre jeu télévisé, où ils doivent surmonter des défis stimulants et résoudre des énigmes captivantes. L'intrigue tourne autour de la lutte pour s'échapper du fort, un lieu mystérieux rempli de pièges astucieux et de créatures étranges. Les participants doivent travailler ensemble pour repousser les forces du mal et trouver des indices menant à leur liberté.